Wskazania do przeprowadzenia USG Doppler to przede wszystkim miażdżyca i choroba zakrzepowa żył. Badanie to pozwala w porę wykryć zmiany chorobowe w naczyniach krwionośnych, takie jak zwężenia tętnic, zakrzepy żylne i oraz tętniaki i malformacje naczyniowe. USG Doppler przeprowadza się również w podejrzeniu wszelkich innych patologicznych zmian skutkujących nieprawidłowym przepływem krwi w żyłach i tętnicach.

Badanie USG Doppler pozwala również zbadać przepływ krwi i ewentualne zmiany w tętnicach szyjnych, kręgowych, tętnicach podobojczykowych, tętnicach trzewnych  w jamie brzusznej i tętnicach nerkowych. Metoda dopplerowska ma duże znaczenia w diagnostyce nieprawidłowości krążeniowych żył i tętnic kończyn dolnych i górnych.